Arvin Shojaee gjorde två mål, övriga mål för bortalaget gjordes av Tobias Mikaelsson och Iset Thoma Hajrizaj, målet för Skene IF gjordes av Markus Salminen.
Med fyra omgångar kvar är Skene IF på elfte plats i tabellen, medan Kongahälla är på sjätte plats.
Nästa motstånd för Kongahälla är Hisingsbacka. Lagen möts lördag 30 oktober 13.00 på Kongevi.